Comprendre les publications scientifiques sur le microbiote.
Marcio Costa, Cécile Crost, CRIPA-FRQNT, Université de Montréal
La modification et l’analyse du microbiote digestif sont devenues primordiales dans la gestion des maladies infectieuses et la régie d’élevage.
Marcio Costa, professeur à l’Université de Montréal et Scott Weese, professeur à Guelph University, ont publié pour les praticiens vétérinaires, un guide afin d’interpréter les données publiées dans ce domaine de recherche. Cet article de revue présente comment lire avec discernement et objectivité les avancées scientifiques proposées par la communauté de recherche.
Malgré plus d’un siècle de progrès dans la culture in vitro des microbes, la vaste majorité n’est toujours pas cultivable. Les méthodes moléculaires d’identification microbienne du 20e siècle telles que la EGGD, PLFR et les premiers séquençages ADN sont désormais obsolètes.
Actuellement, les analyses les plus précises et polyvalentes combinent 2-3 techniques afin de confirmer les mesures spécifiques.
La technologie de séquençage de nouvelle génération (SNG, en anglais « NGS ») permet l’analyse de milliers de fragments ADN en simultané, c’est la méthode étalon par excellence. La SNG peut être adaptée de deux façons : la première approche sert à déterminer l’abondance relative d’un taxon (un taxon est un groupe de microbes ayant des traits identiques soit de la même famille). Cette approche présente quel taxon est présent dans la population microbienne; la seconde approche de SNG permet de décrire le profil de fonctionnement métabolique du microbiote (c.-à-d. que fait le microbiote). Les analyses de métagénomique ou de séquençage aléatoire (« shotgun analysis ») identifient les gènes présents dans la population microbienne globale et servent en fait à analyser le fonctionnement métabolique du microbiote.
En vue de mesurer le dénombrement total d’un taxon dans une population, la meilleure technique est la PCR quantitative.
Pour détecter spécifiquement un microbe (espèce) dans le microbiote, les chercheurs réalisent le séquençage ciblé d’amplicons.
Afin de confirmer la présence d’un microbe dans une lésion anatomique, les scientifiques utilisent l’hybridation in situ en fluorescence (FISH), alors que la PCR quantitative, elle, mesure l’abondance réelle d’un taxon dans une population microbienne.
Toutefois, de nos jours, toutes les études sur le microbiote sont principalement descriptives. Aucun lien de causalité ne peut en être inféré. Donc afin de désigner quelle bactérie spécifique induit une perte de poids, les chercheurs doivent colliger d’autres données avec des études mécanistiques. Ce type d’étude aide à identifier l’interaction de molécules déclenchant un mécanisme de cascade moléculaire dans divers organes ou microbes. Ces interactions moléculaires déclenchent ou causent les symptômes (anorexie, vomissement, fièvre).
En conclusion, toutes les recherches sur l’impact du microbiote sur l’axe neuroendocrinien intestin-cerveau (axe de communication nerveux et hormonal), pour être pertinentes, doivent inclure le SNG et les études mécanistiques.
Source: Methods and basic concepts for microbiota assessment. Vet J. 2019 Jul;249:10-15. Marcio Costa, J Scott Weese. Epub 2019 May 13.
