Résistance à la colistine : Première détection dans le microbiote d’un élevage porcin canadien.

La colistine est considérée comme un antibiotique de dernier recours pour traiter certaines infections bactériennes multirésistantes chez les humains. Comme ce médicament a été mondialement utilisé en médecine humaine et dans des élevages, avant sa classification comme antibiotique de dernier recours, certaines bactéries porteuses de résistance ont émergé.

Au Canada, la colistine ne doit pas être prescrites en médecine vétérinaire, sauf dans de rares cas et selon certaines précautions. Des chercheurs au Canada ont identifié la présence des gènes mcr, qui sont responsables de conférer l’aptitude à résister à la colistine, dans certaines bactéries (E. coli) isolées de viande de bœuf ou de patients humains.

Or une équipe québécoise, menant un projet en 2017 sur la possibilité de lien entre le bien-être animal et le microbiote des porcs (la flore bactérienne digestive), a mis en évidence qu’un élevage commercial n’utilisant pas la colistine avait des porcs contenant des gènes (mcr-1 et mcr-2) au niveau de leur microbiote. L’étude n’indique pas si les gènes détectés étaient dans la même bactérie ou dans des espèces bactériennes différentes. Fait à noter, aux USA une autre équipe avait aussi réalisé récemment le même type de détection chez le porc en absence d’usage de la colistine.

Quelle est la source de la contamination des animaux? L’étude ne le détermine pas. Les auteurs indiquent plusieurs sources potentielles d’acquisition des bactéries résistantes :

- lors de l’implantation du microbiote, dès la maternité ;

- par l’ingestion d’aliments contaminés;

- par pression de sélection. Comme l’élevage porcin suivi dans le cadre de la présente étude, avait utilisé d’autres antibiotiques durant la période testée : dont la chlorotétracycline (en post-sevrage), il est donc possible que cet antibiotique ait favorisé une pression de sélection favorable aux bactéries portant les gènes mcr.

- en respirant l’air contaminé des bâtiments. En effet, lors de travaux précédents sur l’exposition des éleveurs porcins aux contaminants aérosols, l’équipe de Caroline Duchaine a identifié que 60% des échantillons d’air des bâtiments de porcs de finition au Canada sont positifs pour le gène mcr-1. De plus, la flore nasopharyngée de certains travailleurs de l’industrie porcine contient ces gènes de résistance.

Au Canada, il existe un programme gouvernemental reliant la médecine humaine et la médecine vétérinaire pour la surveillance de la résistance aux antibiotiques. Ce Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) teste les profils de résistance de seulement certaines bactéries provenant des fermes porcines, soit E. coli et Salmonella, et pas celui de toutes les bactéries composant le microbiote de l’animal. Ce qui explique pourquoi le PICRA n’a pas fait cette détection, si ces gènes ne sont pas associés à ces deux bactéries (E. coli et Salmonella). De cet élevage, 11.4% des porcs envoyés à l’abattoir portaient l’un des gènes mcr dans leur microbiote, ceci peut constituer une menace de transmission de ce gène de résistance à la colistine aux consommateurs. Toutefois, le risque d’exposition parait plus élevé pour les éleveurs et intervenants porcins qui subissent une exposition aérosol et par contact direct avec les selles.

Sources :

First identification of mcr-1/mcr-2 genes in the fecal microbiota of Canadian commercial pigs during the growing and finishing period. Rhouma M, Thériault W, Rabhi N, Duchaine C, Quessy S, Fravalo P. Vet Med (Auckl). 2019 Jul 4;10:65-67. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6613599/#CIT0010

Prevalence of mcr-1 in the Cecal Contents of Food Animals in the United States.

Meinersmann RJ, Ladely SR, Plumblee JR, Cook KL, Thacker E. Antimicrob Agents Chemother. 2017 Feb; 61(2):. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27855065

Quantification of airborne dust, endotoxins, human pathogens and antibiotic and metal resistance genes in Eastern Canadian swine confinement buildings. Pilote J, Létourneau V, Girard M, Duchaine C. Aerobiologia. 2019;35(2):283–296. https://pubag.nal.usda.gov/catalog/6431499